Modelação Molecular no Desenho de Fármacos

Slides

• Apresentação da Disciplina
• Desenho de Fármacos:aspectos gerais.
• História e Evolução do Desenho de Fármacos.
• Introdução à Modelação Computacional no Desenho de Fármacos
• Formatos de Representação e Recursos "on-line"
• Desenho racional e SBDD
• Conceitos de Modelação Molecular

Tutoriais

• Introdução ao software de visualização molecular PyMOL
• Inibidores da cinase Chk-1
• tutorial
• Artigo 1
• Inibidores da Enzima Conversora da Angiotensina (ACE)
• Pesquisa de moléculas em bases de dados
• In Silico docking de inibidores da c-ABL kinase

Bibliografia

• Stromgaard - "Introduction to drug design and discovery"
• Blass - "Drug Discovery and Development: An Overview of Modern Methods and Principles"
• Blass - "The Drug Discovery Process: From ancient Times to Present Day"


• W.L.Jorgensen - "The many roles of computation in drug discovery"
• C.A.Lipinksi - "Rule of 5" article
• Quantum Chemistry and Drug Discovery

Software

• Visualização
• PyMOL Molecular Viewr
• VMD - Visual Molecular Dynamics
• NGL - Web Viewer
• Edição Molecular
• Avogadro (Windows)
• UCSF Chimera: an extensible molecular modeling system
• ChemAxon Marvin (Windows)
• Docking
• Autodock Vina 1.1.2 (Windows 32-bit)
• MGL Tools (Autodock Tools)
• Máquinas Virtuais
• Virtual Box 6.1.14 Host for Windows
• Virtual Box Appliance (Linux Mint)
• Virtual Box Appliance (Linux Mint) - Google Drive
• Outras Ferramentas
• OpenBabel 2.4.1 (Windows)
• ZINC Pharmer
• ACD/I-Labs

Softwares comcerciais

• Schrodinger
• Hyperchem
• Gaussian
• MOE
• LUDI

Links

• Click2Drug: Directory of Computer-Aided Drug Design Tools
• Protein Data Bank Web Portal
• UniProt Sequence Database
• NCBI PubChem Database
• Drug Bank
• ChemDB
• ChemBank
• ChemSpider
• ZINC
• Iridium
• Pharmagist