Bioinformática e Modelação de Fármacos

Aulas Teóricas

• Introdução: Drug Design e CADD
• Representação molecular, similaridade, descritores
• Mecânica Molecular
• Dockiong & Virtual Screening
• Aprendizagem Máruiqna e AI

Google Colab Noteboks

• TP1 - Intodução ao ambiente Colab e ferramentas computacionais
• TP2 - Representações, Descritores e Similaridade Molecular
• TP3 - Mecânica Moleclar
• TP4 - Docking e Screening Virtual
• TP5 - Aprendizagem Máquina e AI

Tutoriais

• Introdução ao ambiente Colab e linguagem Python
• Introdução PyMOL: inibidores da neuramindinase

Bancos de dados

• DrugBank
• ChEMBL
• PubChem
• ZINC20
• ZINC22
• Protein Data Bank
• PDBind+
• BindingDB
• UniProt Universal Protein Resource

Ferramentas

• PLIP
• Protein Insteractions Calculator
• Protein Plus
• Webina

Software

• Visualização
• PyMOL Molecular Viewr
• VMD - Visual Molecular Dynamics
• NGL - Web Viewer
• Edição Molecular
• Avogadro (Windows)
• UCSF Chimera: an extensible molecular modeling system
• ChemAxon Marvin (Windows)
• Docking
• Autodock Vina 1.1.2 (Windows 32-bit)
• MGL Tools (Autodock Tools)
• Outras Ferramentas
• OpenBabel 2.4.1 (Windows)
• ZINC Pharmer
• ACD/I-Labs

Softwares comcerciais

• Schrodinger
• Hyperchem
• Gaussian
• MOE
• BIOVIA Discovery Studio
• OpenEye
• MolSoft
• Molecular Designer
• BioSolveIT
• Molecular Design Ltd.
• Sybyl-X
• Optibrium
• Certara
• StarDrop
• Molecular Networks
• StarDrop

Outros Links

• Click2Drug: Directory of Computer-Aided Drug Design Tools
• ChemDB
• ChemBank
• ChemSpider
• Iridium
• Pharmagist